Кроме комплексной программы развития, в крае принято и реализуются более пятидесяти целевых программ, основная часть которых носит социальный характер и направлена на решение проблем в сфере здравоохранения, образования и социальной защиты населения. На реализацию краевых целевых программ в 2003 г. было направлено 4,2 млрд. рублей, из них 1,5 млрд. рублей - из средств регионального бюджета.

В числе приоритетных - программа "Качество". Она направлена на обеспечение качества и безопасности продукции, поступающей на потребительский рынок региона и защиту населения от недоброкачественной продукции, вредной для окружающей среды и здоровья людей. На реализацию программы в 2003 г. из краевого бюджета выделено 12,5 млн. рублей.

На поддержку образовательных программ и выполнение мероприятий по компьютеризации и развитию единой информационной сети в системе образования из краевого бюджета направлено более 86 млн. рублей.

Важными для развития края являются программы: "Развитие газификации Краснодарского края", "Приоритетные направления исследований в АПК Краснодарского края" (проведение работ по изготовлению новых опытных образцов сельхозмашин), "Развитие виноградарско-винодельческой отрасли".

Ежегодно администрацией Краснодарского края принимается краевая инвестиционная программа, направленная на развитие жилищно-коммунального хозяйства, газификацию, теплоснабжение, водоснабжение сельских населенных пунктов, строительство объектов социальной сферы. Из бюджета края на ее реализацию в 2003 г. было направлено 1,3 млрд. руб.